USO DE PROGRAMAÇÃO DINÂMICA EM DOBRAMENTO DE RNA

Luiz Carlos da Silva Rozante

Resumo


Os métodos laboratoriais para determinação da estrutura do RNA são onerosos. A estrutura secundária do RNA, além de fonecer informações acerca da função da molécula, serve também como importante etapa na definição de sua estrutura terciária. Daí a importância em se desenvolver métodos computacionais, rápidos e precisos de predição da estrutura secundária, a partir da estrutura primária. As duas mais importantes estratégias de resolução do problema estão baseadas em critérios de estabilidade termodinâmica (de energia livre mínima) e na identificação dos dobramentos comuns entre moléculas homólogas. No primeiro caso, os algoritmos mais importantes são baseados em técnicas de programação dinâmica. Situado no contexto da genômica estrutural e da bioinformática, este trabalho apresenta os modelos propostos para o problema, além de descrever formalmente as várias técnicas e métodos envolvidos na sua resolução. Desenvolvemos também implementações eficientes dos algoritmos mais expressivos baseados em cálculo de energia livre mínima.

Palavras-chave


Dobramento de RNA; Estrutura Secundária; Programação Dinâmica; Minimização de Energia Livre

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DOI: http://dx.doi.org/10.13037/ras.vol1n1.96

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Revista de Informática Aplicada - USCS/UFABC