ALGORITMOS DE ALINHAMENTO DE SEQÜÊNCIAS MOLECULARES

E. Bilha, E. di Grazia, L. T. Ono, M. R. Cardoso, M. C. Smynniuk, L. C. Rozante

Resumo


Com o advento e crescimento da bioinformática, em especial, com o sequenciamento do genoma de vários organismos, inclusive do homem, os bancos de biosequências cresceram em tamanho e número. Isto levou à necessidade de novas técnicas métodos de análise e tratamento destas informações, sendo um dos mais importantes, o tratamento do problema de busca e alinhamentode sequências moleculares. Para isto, existem duas famílias principais de algoritmos, a família FAST e a família BLAST, sendo esta última a mais utilizada.
O objetivo dos sistemas baseados nestes algoritmos é fornecer aos pesquisadores em biotecnologia ferramentas de comparação e busca entre diversas sequências. Neste trabalho, apresentamos um modelo baseado nos algoritmos da fampilia BLAST e são demonstrados, além do funcionamento destes, exempls de alinhamentos.
Descrevemos o funcionamentode algoritmos para o alinhamento de sequências de DNA, baseados em programação dinâmica, incluindo um algoritmo de alinhamento múltiplo, conhecido como Estrela.

Palavras-chave


Similaridade; Programação Dinâmica; Comparação de Sequências, Alinhamento Múltiplo

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DOI: http://dx.doi.org/10.13037/ras.vol1n1.94

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Revista de Informática Aplicada - USCS/UFABC